其实这座城市里不止有那些大鸟了,地面上还有许多稀奇古怪的怪物,那些怪物平时就藏在那些阴暗的角落,之前也有幸存的人在白天出去找吃的,但最后几乎没有一个能活着回来的,所以,现在已经没人敢出去了。14年前,初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击,使世界发生前所未有的巨变。在此之后,葛城美里(三石琴乃 配音)等NERV旧部出走,成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香(宫村优子 配音)和真里(坂本真绫 配音)夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣(绪方惠美 配音),但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意,懵懂的真嗣跟随绫波丽(林原惠美 配音)登上突然入侵的九号机,返回了千疮百孔的NERV总部。在这里,他意外重逢朝思夜想的绫波,还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰(石田彰 配音)共同驾驶十三号机。长达14年的空白,期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相…